Nacido en 1968, comenzó sus estudios de violín con 7 años. En 1985 ingresa en el Conservatorio de Música de Basilea donde estudia junto a Jean-Jacques Kantorow. Se gradúa 4 años más tarde con honores y amplía sus estudios junto a Witold Lutoslawski y György Kurtág, perfeccionándose tanto en la música barroca como en la contemporánea. Como violinista ha logrado diversos títulos internacionales como el Tibor Varga, Niccolò Paganini, Cità di Brescia y el Vaclaw Huml
En 1989 es nombrado concertino de la Orquesta de Auvergne, con la que gira por Alemania en 1993. En 1996 obtiene la plaza de concertino en la Orquesta de Cámara de Lausanne y posteriormente en la Orquesta de Cámara de Europa. Desde 1997 ocupa la plaza de concertino de la Orquesta Sinfónica de Londres. Asimismo, en 2000 es nombrado profesor de cuerda en el Royal College of Music de Londres y en 2003 de la Guildhall School of Music and Drama. Desde 2004 es director artístico de la Orquesta de Cámara de Holanda en Amsterdam con la que ha interpretado producciones como L’histoire du soldat de Stravinsky con el pintor cinético Norman Perryman y Die sieben Todsünden de Weill con la compañía teatral Dogtroep, con la que ha grabado varios CDs con obras de Britten, Bartok y Hartmann, entre otros. En 2006 es nombrado director musical de la orquesta de cámara serbia St. George Strings en Belgrado.
Ha mostrado un especial interés en la música de cámara y es invitado regularmente en varios festivales como Musique à l’Empéri Festival, Edinburgh Festival, Daytona Music Festival, Chaise-Dieu Festival y los Proms de Londres, y ha actuado junto a artistas como Vladimir Mendelssohn, Pieter Wispelwey, Christophe Coin, Eric Le Sage, Maria João Pires, Mikhaïl Pletnev, Emmanuel Ax, Leif Ove Andsnes y Tim Hugh. También ha actuado con el Vellinger String Quartet.
Como solista ha actuado junto a la Orchestre de la Suisse Romande, la Orchestre Symphonique de Bâle, Combattimento Consort Amsterdam, la Orquesta de cámara de Israel y la Orquesta Sinfónica de Londres, entre otras. En 2001 interpreta el Concierto de violín de Walton con la Orquesta Sinfónica de Londres bajo la dirección de André Previn. En 2003 interpreta el Doble Concierto de Brahms con la Orquesta Sinfónica de Londres y Bernard Haitink, editado en el sello LSO Live, así como el Concierto de violín nº 1 de Paganini en cinco conciertos en Holanda. Interpretó el estreno del Concierto para violín, Deep But Dazzling Darkness, de James MacMillan bajo la batuta del compositor y con la Orquesta Sinfónica de Londres.
Ha grabado en sellos discográficos como Olympia, Lyrinx o Syrius explorando el repertorio de violín menos conocido. Una de sus grabaciones, dedicada a Vivaldi, fue nombrada Grabación del Mes en Holanda, y su grabación de Bach recibió un galardón de la Radio Cultural de Suiza, DSR3.
En 2005 afronta tres importantes proyectos junto a la Orquesta Sinfónica de Londres: el Concierto de violín de Schumann con Daniel Harding, el Concierto de violín de Brahms con Sir Colin Davis y el Triple Concierto de Beethoven con el pianista Emmanuel Ax y el violonchelista Tim Hugh, bajo la dirección de Bernard Haitink en el Barbican Centre de Londres.
Gordan Nikolic toca un violín de Giuseppe Guarneri y también ha tocado un violín Lorenzo Storioni del 1794.